Нечаев находится под следствием с февраля 2025 года. После содержания в СИЗО его отправили под домашний арест по решению Мещанского суда. Четверо остальных фигурантов остаются в изоляторе. Им предъявлены обвинения по статье 160 УК РФ за растрату в особо крупном размере, совершённую группой лиц.

Расследование касается масштабных хищений в дорожной отрасли региона. С 2015 года чиновники Миндортранса в сговоре с бизнесменами завышали стоимость госконтрактов на дорожные работы. По версии следствия, ключевую роль в этом играли предприниматели из семьи Вильшенко, контролировавшие основные дорожные компании области — "Южуралавтобан" и "Южуралмост".

Алексей Нечаев занимал должность начальника управления Миндортранса и, по материалам дела, выполнял указания бывшего министра Дмитрия Микулика. Предварительный ущерб оценивается в 3 миллиарда рублей, которые были выведены на аффилированные компании. Расследование продолжается, и признание Нечаева может повлиять на дальнейшее развитие дела.